Berikut ini kami sampaikan lembaga yang upload EMIS nya tertolak oleh team EMIS Pusat, dikarenakan file yang diunggah tidak menggunakan aplikasi dan atau database validasi EMIS Semester Genap Tahun Pelajaran 2015/2016, mohon untuk dipersiapkan data validnya untuk dapat diunggah. Perkiraan injury time upload data 10 – 11 Maret 2016.
INI adalah berdasarkan aplikasi yang digunakan, kemungkinan akan bertambah lagi lembaga yang lain.
Data madrasah yang emisnya tidak valid berdasarkan Team EMIS Pusat :
| NSM | Nama Lembaga | Kecamatan |
| 101233210006 | RA Kyai Ageng Giri | Mranggen |
| 101233210037 | RA Tsamarotul Ulum | Guntur |
| 101233210073 | RA Syeh Joyo Nurman | Mijen |
| 101233210119 | RA Al-Karimah | Karang Tengah |
| 111233210001 | MI Syafiiyah | Mranggen |
| 111233210110 | MI Tarbiyatul Athfal | Karangawen |
| 111233210129 | MI Darun Najach | Sayung |
| 121233210133 | MTs RUJCHANIYYAH | Mranggen |
| 131233210003 | MA Ibrohimiyyah | Mranggen |
Sedangkan RA / madrasah yang belum Upload :
| No | Nama Madrasah | NSM | Kecamatan |
| 1 | MAS Nahdlatusy Syubban | 131233210022 | Sayung |
| 2 | MIS AT-TANWIR | 111233210123 | Wedung |
| 3 | MIS Ribhul Ulum | 111233210113 | Wedung |
| 4 | MTsN Bonang | 121133210083 | Bonang |
| 5 | MTsN Mranggen | 121133210001 | Mranggen |
| 6 | MTsS Al Asyhar Jamus | 121233210125 | Mranggen |
| 7 | MTsS Hidayatullah Banjarejo | 121233210113 | Guntur |
| 8 | MTsS NU Raudlatul Muallimin | 121233210093 | Wedung |
| 9 | MTsS Tarbiyatul Ulum | 121233210097 | Wedung |
| 10 | RA Al Amin | 101233210126 | Mranggen |
| 11 | RA AL MA’SUM | 101233210141 | Wonosalam |
| 12 | RA Darun Najah | 101233210111 | Wonosalam |
| 13 | RA Fathul Huda | 101233210044 | Sayung |
| 14 | RA Hidayatul Mubtadi`in | 101233210106 | Dempet |
| 15 | RA Nurul Ulum | 101233210104 | Kebonagung |
| 16 | RA RA Miftahul Huda Tamansari | 101233210116 | Mranggen |
| 17 | RA RA Pancasila | 101233210092 | Wedung |
| 18 | RA RA Qodiriyah | 101233210064 | Dempet |
| 19 | RA RA Sunan Kalijogo | 101233210105 | Kebonagung |
| 20 | RA Tarbiyatul Athfal | 101233210055 | Sayung |
| 21 | RA Tarbiyatush Shibyan | 101233210061 | Karangtengah |
